"Οι συγγενείς ανωμαλίες του ουροποιητικού συστήματος (CAKUT) ως πολυπαραγοντικά νοσήματα: γενετικοί, περιβαλλοντικοί και επιγενετικοί παράγοντες"

Περίληψη

Οι συγγενείς ανωμαλίες του ουροποιητικού συστήματος αποτελούν ένα φάσμα αναπτυξιακών αστοχιών, οι οποίες εμφανίζονται σε 3-7 γεννήσεις ανά χιλιάδα και συνιστούν περίπου το 23% των δυσμορφιών κατά τη γέννηση. Οι CAKUT αποτελούν την αιτία στην οποία οφείλεται το 40-50% της νεφρικής ανεπάρκειας τελικού σταδίου στον παιδικό πληθυσμό και το 7% στον ενήλικο πληθυσμό παγκοσμίως. Αυτή η ετερογενής ομάδα ασθενειών αποτελείται από πολλούς διαφορετικούς τύπους διαταραχών, από τις διάφορες μορφές νεφρικής δυσπλασίας και αγενεσίας μέχρι ποικίλες δυσμορφίες και αποφράξεις στους ουρητήρες.

Χάρις σε μακροχρόνια και ενδελεχή έρευνα, έχει διαπιστωθεί πως οι CAKUT οφείλονται σε μία πλειάδα παραγόντων, πολύ διαφορετικής προέλευσης μεταξύ τους, η διαταραχή των οποίων προκαλεί την εμφάνιση αυτών των ανωμαλιών. Οι παράγοντες αυτοί μπορεί να είναι κλασικοί γενετικοί παράγοντες, δηλαδή γονίδια και μεταλλάξεις τους, διάφοροι περιβαλλοντικοί παράγοντες, αλλά και επιγενετικοί παράγοντες. Οι τελευταίοι συνιστούν σε λειτουργικές παραλλαγές της γονιδιακής έκφρασης, χωρίς μεταβολή της αλληλουχίας του ανθρώπινου γονιδιώματος.

Σκοπός της μεταπτυχιακής εργασίας είναι η παρουσίαση και ανάλυση όλων των καθιερωμένων ή υποψηφίων παραγόντων που αποτελούν ή μπορούν να αποτελούν αιτίες πρόκλησης CAKUT, του τρόπου και της σημασίας επίδρασής τους στην εμφάνιση αυτών των ανωμαλιών, καθώς και των επόμενων κατευθύνσεων της αντίστοιχης έρευνας. Η εργασία στηρίζεται σε πρόσφατη βιβλιογραφία, ώστε να αποτυπώσει την τρέχουσα κατάσταση.

Το πρώτο κεφάλαιο της εργασίας περιλαμβάνει τη συνοπτική παρουσίαση της διαδικασίας οργανογένεσης των νεφρών και του υπολοίπου ουροποιητικού συστήματος με ιδιαίτερη μνεία στα σηματοδοτικά μονοπάτια που εμπλέκονται στα διάφορα στάδια της νεφρικής ανάπτυξης. Οι παράγοντες, οι οποίοι προκαλούν την εμφάνιση των CAKUT, επηρεάζουν την ανάπτυξη του ουροποιητικού συστήματος (πολλές φορές και άλλων συστημάτων), είτε μέσω επίδρασης με παραμέτρους που εμπλέκονται στα σηματοδοτικά μονοπάτια που ενεργοποιούνται κατά τη διάρκεια της νεφρικής ανάπτυξης, είτε αποτελώντας οι ίδιοι μέρος αυτών των μονοπατιών. Επομένως, η πλήρης κατανόηση, αυτών των συνδέσεων και αλληλεπιδράσεων, προϋποθέτει την παρουσίαση της νεφρογένεσης πριν την παρουσίαση και την ανάλυση των παραγόντων πρόκλησης CAKUT.

Το δεύτερο κεφάλαιο της εργασίας αποτελεί μία παρουσίαση των ποικίλλων μορφών CAKUT. Αποτυπώνεται κάθε ασθένεια με περιγραφή του φαινοτύπου της, της συχνότητας εμφάνισής της, καθώς και των μεθόδων διάγνωσης και αντιμετώπισής της. Η σύνδεση κάθε μίας από αυτές τις ασθένειες με κάποια / κάποιες αιτίες πρόκλησής τους γίνεται στο επόμενο κεφάλαιο.

Το τρίτο και τελευταίο κεφάλαιο της εργασίας εστιάζει στην παρουσίαση και ανάλυση των διάφορων ομάδων αιτιών πρόκλησης CAKUT, με αναφορά σε κάθε μεμονωμένο παράγοντα της κάθε ομάδας που πιθανόν να ενοχοποιείται για την εμφάνιση αυτών των ανωμαλιών. Γεγονός είναι πως παρά την έρευνα που έχει προηγηθεί σε αυτό το πεδίο, η διεθνής επιστημονική κοινότητα δεν έχει ομόφωνη άποψη ούτε για τη σημασία, ούτε για τη συχνότητα με τις οποίες σχετίζονται οι περισσότεροι εξ αυτών των παραγόντων με την πρόκληση CAKUT. Επιπλέον, μόνο ένα μικρό ποσοστό των καταγεγραμμένων περιπτώσεων CAKUT έχει οριστικά και αδιαμφισβήτητα αποδοθεί σε συγκεκριμένες αιτίες πρόκλησης, με την πλειοψηφία των περιπτώσεων να μην έχει εξακριβωθεί ακόμα που οφείλονται.

Εν τέλει, διαπιστώνεται πως ο δρόμος για την ταυτοποίηση, την κατανόηση και τη σύνδεση κάθε γενεσιουργού αιτίας πρόκλησης CAKUT με κάποια ή κάποιες από αυτές τις ανωμαλίες, είναι μακρύς ακόμα, με πολλή περισσότερη έρευνα να απαιτείται για την αποσαφήνιση των περισσότερων περιπτώσεων. Όμως, η επίτευξη αυτού του στόχου θα οδηγήσει στην καλύτερη κατανόηση των σηματοδοτικών μονοπατιών, τα οποία εμπλέκονται στην απορύθμιση της ανάπτυξης του ουροποιητικού συστήματος, και θα οδηγήσει στην ανάπτυξη καινοτόμων προγεννητικών διαγνωστικών, καθώς και θεραπευτικών προσεγγίσεων.

ΠΑΤΣΙΑΣ Χριστόδουλος

"Αλληλούχιση νέας γενιάς και η συνεισφορά της στη διάγνωση του καρκίνου"

Περίληψη

Η παρούσα εργασία πραγματεύεται το θέμα της αλληλούχισης νέας γενιάς στον καρκίνο. Η εργασία ολοκληρώνεται μέσα από οκτώ κεφάλαια.

Αναλυτικά το πρώτο κεφάλαιο εστιάζει στον προσδιορισμό της αλληλούχισης του DNA κατά Sanger. Συγκεκριμένα παρουσιάζει την μέθοδο, την αλληλούχιση χρώσης-τερματιστή, την αυτοματοποίηση και προετοιμασία των δειγμάτων, τις προκλήσεις, τον προσδιορισμό αλληλούχισης κατά Sanger με μικρορευστά και τις εφαρμογές τεχνολογιών προσδιορισμού αλληλούχισης με μικρορευστά. Επίσης περιγράφεται ο σχεδιασμός συσκευών, η χημεία προσδιορισμού αλληλουχιών, οι πλατφόρμες και οι συγκρίσεις με άλλες τεχνικές προσδιορισμού αλληλούχισης. Το δεύτερο κεφάλαιο εστιάζει στην NGS, μία τεχνολογία αλληλούχισης επόμενης γενιάς. Το τρίτο κεφάλαιο παρουσιάζει τα κληρονομικά σύνδρομα καρκίνου και το τέταρτο κεφάλαιο αναλύει τη σωματική μετάλλαξη του καρκίνου καταλήγοντας σε συμπερασματικές παρατηρήσεις σχετικά με Gene-Panels για την ανάλυση σωματικών μεταλλάξεων και για τις αναλύσεις της υγρής βιοψίας. Το πέμπτο κεφάλαιο μελετά την φαρμακογενετική και το έκτο εστιάζει σε άλλες εφαρμογές και μελλοντικές κατευθύνσεις. Το έβδομο κεφάλαιο παρουσιάζει τους περιορισμούς και τις επιπλοκές του NGS στα γενετικά διαγνωστικά και ηθικά ζητήματα. Τέλος το όγδοο κεφάλαιο καταλήγει σε συμπερασματικές παρατηρήσεις.

ΓΡΑΒΟΥ Βασιλική

"Ανάπτυξη μεθοδολογίας και προσδιορισμός επιπέδων τιγεκυκλίνης σε αίμα ασθενών"

Περίληψη

Η τιγεκυκλίνη είναι ένα ευρέως φάσματος αντιβιοτικό με δράση έναντι και πολυανθεκτικών βακτηρίων. Ανήκει στην ομάδα των τετρακυκλινών (3η γενιά) και δρα μέσω αναστολής της πρωτεϊνοσύνθεσης των βακτηρίων. Αυτό επιτυγχάνεται με πρόσδεσή της στην 30S υπομονάδα του βακτηριακού ριβοσώματος και παρεμποδίζοντας τη διαδικασία της μετάφρασης. Η τιγεκυκλίνη χρησιμοποιείται ενδονοσοκομειακά συνήθως για την αντιμετώπιση πολύ σοβαρών βακτηριακών λοιμώξεων, που περιλαμβάνουν επιλεγμένες λοιμώξεις του δέρματος και μαλακών μορίων (cSSSI), εξαιρουμένων των λοιμώξεων διαβητικού ποδός, περίπλοκες ενδο-κοιλιακές λοιμώξεις (cIAI) και πνευμονία της κοινότητας (CAP).

Σε αυτή την εργασία αναπτύχθηκε μια αναλυτική μέθοδος για την ποιοτική και ποσοτική ανίχνευση της τιγεκυκλίνης σε δείγματα 200 μL πλάσματος από νοσοκομειακούς ασθενείς χρησιμοποιώντας Υγρή Χρωματογραφία συζευγμένη με Φασματομετρία Μάζας (LC-MS/MS). Δημιουργήθηκε εξωτερική καμπύλη αναφοράς από πρότυπα διαλύματα γνωστής συγκέντρωσης και η γραμμική περιοχή της μεθόδου είχε εύρος από 0.25 ppm έως 5 ppm. Ο χρωματογραφικός διαχωρισμός πραγματοποιήθηκε σε αναλυτική στήλη Hypersil GOLD PFP reverse phase analytical column, με κινητή φάση ένα μείγμα ύδατος (Διαλύτης Α) και μεθανόλης (Διαλύτης Β) με προσθήκη φορμικού οξέος 0.1% χρησιμοποιώντας ένα βαθμιδωτό πρόγραμμα έκλουσης. Η ταχύτητα ροής ήταν 400 μL/min και ο χρόνος που απαιτείται για την ολοκλήρωση του χρωματογραφικού διαχωρισμού ήταν 5.5 min. Η φασματομετρία μάζας πραγματοποιήθηκε σε single ion mode (SIM), με πηγή ιόντων ηλεκτροψεκασμού (ESI) ρυθμισμένη σε θετικό φορτίο. Τα ζεύγη ιόντων που χρησιμοποιήθηκαν για την ποιοτική και ποσοτική ανάλυση της τιγεκυκλίνης ήταν τα m/z 586.3 & 513.2. Η θερμοκρασία ήταν ρυθμισμένη στους 320oC, η τάση ψεκασμού ιόντων (ion spray voltage) ήταν 3.5V, η τάση στα τριχοειδή (capillary voltage) ήταν 50V και η τάση στο φακό του σωλήνα (tube lens voltage) ήταν 90V.

Η μέθοδος που αναπτύχθηκε μπορεί να βρει εφαρμογή στην κλινική πράξη, ως εργαλείο για τους θεράποντες ιατρούς για την παρακολούθηση των επιπέδων του αντιβιοτικού στους ασθενείς στους οποίους έχει χορηγηθεί. Αυτή η γνώση μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την προσαρμογή της θεραπευτικής αγωγής όταν χρειάζεται, ώστε να επιτυγχάνονται καλύτερες κλινικές εκβάσεις για τους ασθενείς..

ΠΑΠΟΥΤΣΑΚΗ Ελευθερία