Μετά την έγκριση εκπόνησης της διδακτορικής διατριβής και τον ορισμό της Τριμελούς Συμβουλευτικής Επιτροπής από τη Συνέλευση του Τμήματος, οι υποψήφιοι, σε αποκλειστική προθεσμία ενός μηνός από τον ορισμό της Τριμελούς Συμβουλευτικής Επιτροπής, υποβάλλουν στη Γραμματεία του Τμήματος Ιατρικής το αρχείο με:

1. το θέμα της Διδακτορικής Διατριβής (υπογεγραμμένο από την τριμελή συμβουλευτική επιτροπή)
2. βεβαίωση διαθέσιμης υλικοτεχνικής υποδομής για την εκπόνηση της διδακτορικής διατριβής (υπογεγραμμένη από τον Διευθυντή της Κλινικής ή του Εργαστηρίου, στο οποίο θα εκπονηθεί η διατριβή, όπου θα σημειώνεται ότι υπάρχει και είναι διαθέσιμος ο απαραίτητος τεχνικός εξοπλισμός για την υλοποίηση της έρευνας. Αυτό είναι απαραίτητο και στην περίπτωση που μέρος της διατριβής εκπονείται σε εργαστήριο ή κλινική άλλου ιδρύματος)
3. το ερευνητικό πρωτόκολλο υπογεγραμμένο από τον Υποψήφιο και τον Επιβλέποντα

Στην περίπτωση της συγγραφής της διδακτορικής διατριβής στην αγγλική γλώσσα το θέμα και το ερευνητικό πρωτόκολλο κατατίθενται στα ελληνικά και στα αγγλικά.