Η πρώτη αίθουσα είναι αφιερωμένη στην αρχαία Ιατρική. Αντίγραφα προτομών, αγαλμάτων και αναγλύφων του Απόλλωνα, πρώτου θεού της Ιατρικής, του Ασκληπιού, της Υγείας, του Ιπποκράτη και αναγλύφων με απεικονίσεις  ασθενειών ή θεραπειών πλαισιώνονται από την μεγαλύτερη συλλογή αρχαίων νομισμάτων με ιατρικά θέματα και χειρουργικά εργαλεία του 4^ου π.Χ. έως 4^ου μ.Χ. αιώνα.

Στον δεύτερο χώρο διοσκουριδικές απεικονίσεις φυτών πλαισιώνονται με φαρμακευτικά και βότανα της σήμερον. Παραπλήσια σε ένα μικρό παρεκκλήσιο εκτίθενται εικόνες 65 ιατρών και 12 ιάτραινων που αγίασαν, μια μεγάλη εικόνα του Χριστού ως Αρχίατρο με τα 24 ιατρικά Του θαύματα και μία Εικόνα της Παναγίας της Ιάτραινας με 24 ιατρικά Θεοτοκονύμια. Πίσω από το ιερό ακολουθεί ένας χώρος στρατιωτικού υλικού και ορεινού χειρουργείου με ειδικές γεννήτριες για ηλεκτρισμό, απαραίτητο για τον φωτισμό κατά την ώρα του χειρουργείου και δίπλα ένα Φαρμακείο του 19^ου αιώνα από την Λάιστα και γύρω ανά δεκαετία εκατοντάδες φάρμακα. Ακολουθεί ένας χώρος με δύο χειρουργικές και γυναικολογικές κλινικές που πλαισιώνονται από 2500 χειρουργικά εργαλεία μέσα σε προθήκες, καθώς και ένα μοναδικό υλικό από τον τελευταίο παρασκευαστή χειρουργικών εργαλείων που δείχνει πως κατασκευάζονταν παλιά ένα ένα τα χειρουργικά εργαλεία.

Ακολουθεί ένας χώρος με θερμοκοιτίδες και απέναντι μηχανήματα από το οφθαλμιατρείο του Δ. Παρλαπά.

Τέλος ο 20^ος αιώνας εκπροσωπείται από μια αίθουσα οδοντιατρείων τριών γενεών που έχουν δωρηθεί από τον ιατρό-οδοντίατρο κ. Δ. Φούντη, όπως το Οδοντιατρείο  του παππού του, του πατέρα του αλλά και του ιδίου και από έναν χώρο με ογκωδέστατα μηχανήματα της πρώτης γ-κάμερας της Ηπείρου. Παραπλήσια υπάρχει και ένας χώρος με μοναδικά ακτινολογικά και ακτινοθεραπευτικά μηχανήματα του μεσοπολέμου και της μεταπολεμικής εποχής.

Νομίσματα, χαρτονομίσματα, ιατρικές γελοιογραφίες αλλά και μία πλήρης συλλογή 450 ελληνικών γραμματοσήμων με ιατρικά θέματα ολοκληρώνουν την συλλογή του Μουσείου Ιστορίας Ιατρικής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων.